Năm 2006, trường được sự quan tâm của Thành ủy, UBND Thành phố Hà Nội, HĐND, UBND Quận Long Biên có dự án xây dựng cơ sở vật chất trường mới, theo thiết kế mô hình trường chuẩn Quốc gia, kiên cố hóa, hiện đại hóa trường lớp, đáp ứng yêu cầu toàn diện cho học sinh. Trường được khánh thành vào ngày 08/ 11/ 2007 với tổng diện tích là 8360m.
Trường được xây dựng với cơ sở vật chất khang trang, đầy đủ các phòng học chức năng như phòng Hóa, phòng Sinh, phòng Lý. Đặc biệt, năm học 2016 -2017 được sự quan tâm của UBND Quận đã trang bị cho nhà trường 100% các phòng học phương tiện dạy học hiện đại như máy tính, máy chiếu. Nhà trường đã kết nối mạng Intenet cho tất cả các phòng học để tạo điều kiện cho giáo viên và học sinh khai thác hệ thống kiến thức trên mạng phục vụ cho quá trình dạy và học.
Hiện nay (năm học 2017- 2018), trường có 38 CBGV-NV, trong đó có 25 GV-NV biên chế, 13 GV - NV hợp đồng. Về chuyên môn nghiệp vụ, đội ngũ CBGV nhà trường 100% đạt chuẩn, trong đó có 85% trên chuẩn (Thạc sĩ: 1, Đại học: 17). 100% GV xếp loại chuyên môn nghiệp vụ từ khá trở lên, trong đó có 85% xếp loại xuất sắc. Về học sinh, trường có 440 học sinh được biên chế 13 lớp. Là một trường nhỏ trên địa bàn Quận nhưng Trường THCS Cự Khối có truyền thống hiếu học với bề dày thành tích của Quận và Thành phố Hà Nội.
Là một trường học, bao giờ nhà trường cũng đặt vấn đề về chất lượng giáo dục lên hàng đầu. Để làm tốt công tác này, Ban giám hiệu luôn sâu sát chỉ đạo chuyên môn cũng như công tác giáo dục đạo đức học sinh. Thực hiện đổi mới phương pháp dạy học theo định hướng phát triển năng lực học sinh, từ năm 2013 -2014 đến nay, nhà trường thường xuyên tổ chức sinh hoạt đổi mới chuyên môn ở các tổ, nhóm. Đặc biệt, 100% giáo viên lên lớp đều có đồ dùng dạy học, sử dụng khai thác trường học điện tử. Ngoài việc tận dụng hết đồ dùng dạy học mà trường có, giáo viên còn tự làm thêm nhiều đồ dùng có chất lượng, phục vụ tốt cho việc dạy và học. Tiếp cận với việc sử dụng thành thạo công nghệ thông tin, hầu hết các tổ chuyên môn đều có nhiều tiết dạy bằng giáo án điện tử, đặc biệt trong các tiết thi GVG, chuyên đề 100% GV sử dụng giáo án điện tử. Những tiết học này đã thực sự gây sự hứng thú cho cả thầy và trò.
Với một đội ngũ giáo viên giàu kinh nghiệm và yêu nghề, với truyền thống hiếu học của học sinh Cự Khối, trường đã đạt được nhiều kết quả tốt. Tỉ lệ học sinh tốt nghiệp hàng năm đạt 99-100%, tỉ lệ học sinh vào trường THPT công lập đạt 65% trở lên. Trường cũng đạt được thành tích cao trong các kì thi học sinh giỏi cấp Quận, cấp Thành phố như:
+ Năm học 2013 - 2014: có 9 học sinh giỏi cấp Quận, cấp Thành phố (giải nhất, nhì môn Hóa; giải ba môn Tin học; giải nhì môn Kỹ thuật)
+ Năm học 2014 -2105: có 8 học sinh giỏi cấp Quận, cấp Thành phố ( môn Hóa, Sử, Sinh, Tin, Kỹ thuật)
+ Năm học 2015 -2016: có 11 học sinh giỏi cấp Quận, Thành phố (môn Sinh, Hóa, Tin, Kỹ thuật, NCKH)
+ Năm học 2016 -2017: có 13 học sinh giỏi cấp Quận, Thành phố ( môn Sinh, Hóa, Tin, Sử, Kỹ thuật, NCKH)
Trong phong trào thi đua dạy tốt, học tốt, 100% giáo viên tích cực tham gia, nhiều giáo viên đạt danh hiệu giáo viên giỏi cấp Quận:
+ Năm học học 2015 -2016: có 05 giáo viên đạt GVG cấp Quận. Tiêu biểu: cô giáo Đỗ Mạnh Thu Hà đạt giải nhất môn Toán, cô Đào Thị Thu Hiền đạt giải giải ba môn Anh, thầy Nguyễn Ngọc Anh đạt giải ba môn Sinh, cô Nguyễn Xuân Lộc đạt giải ba công tác chủ nhiệm.
+ Năm học 2016 -2017: có 05 giáo viên đạt GVG cấp Quận. Tiêu biểu: thầy giáo Phạm Bá Binh đạt giải nhì môn Công nghệ.
Nhà trường đã tổ chức tốt hoạt động viết SKKN năm học 2016 - 2017. Kết quả có 18 SKKN cấp trường, 11 SKKN cấp Quận. Nhà trường cũng tích cực tham gia cuộc thi Ngày hội CNTT cấp Quận và đạt giải về trưng bày sản phẩm CNTT.
Về công tác Đoàn Đội TNTP HCM, các hoạt động và phong trào thi đua đạt được thành tích xuất sắc, được Hội đồng Đội Quận, Thành phố đánh giá cao góp phần nâng cao chất lượng giáo dục học sinh...Có được kết quả tốt đẹp như vậy là nhờ sự quan tâm sâu sát của Chi bộ nhà trường, của Ban giám hiệu, sự nhiệt tình giàu kinh nghiệm của đống chí Tổng phụ trách và sự hết lòng vì học sinh của tập thể giáo viên, cán bộ, nhân viên nhà trường.
Công tác xây dựng Đảng, xây dựng đoàn thể vững mạnh luôn được Ban giám hiệu và cán bộ giáo viên nhà trường chú trọng thực hiện. Nhờ vậy, chi bộ nhà trường nhiều năm liên tục đạt “Chi bộ trong sạch – vững mạnh”. Công đoàn nhà trường liên tục đạt
“Công đoàn vững mạnh” của Quận.
Trong các năm học tiếp theo, với ý thức trách nhiệm của Ban giám hiệu nhà trường, của mỗi cán bộ giáo viên, nhân viên trong nhà trường với tinh thần đoàn kết, trường THCS Cự Khối tiếp tục phát huy thành tích đã đạt được để xây dựng nhà trường phát triển, toàn diện đáp ứng niềm tin của địa phương và phụ huynh học sinh.